Crawlspace segue um esquadrão de soldados de elite enviados para se infiltrar e extrair uma equipe científica de Pine Gap, base secreta militar subterrânea na Austrália, que sofre um ataque de forças desconhecidas. A missão é comprometida quando se deparam com uma jovem sem lembranças de quem ela é ou de como ela foi parar ali. Enquanto tentam escapar, o grupo rapidamente descobre nem tudo é como parece e que a instalação se tornou um campo de testes para algo muito mais sinistro.