FBI-agenterna Fox Mulder och Dana Scully har blivit avstängda från arkivet, istället får de utreda normala FBI-ärenden. När ett mystiskt bombdåd äger rum i Dallas, så dras de in i en fruktansvärd konspiration. De riskerar sina liv för att söka efter ett dödligt virus som kan hota hela mänskligheten.